از سوی دیگر، استعفای برخی معاونان منصوبشده در دوره مدیریت فعلی دانشگاه نیز بر این ابهامات افزوده است. این استعفاها گمانهزنیهایی را درباره وجود اختلافنظرهای مدیریتی، فشارهای احتمالی در فرآیند تصمیمگیری یا محدود بودن اختیارات رئیس دانشگاه در برخی انتصابات تقویت کرده است؛ موضوعی که تاکنون توضیح رسمی و شفافی درباره آن ارائه نشده است.
